疫苗生产过程中不可避免的有一些杂质，如细菌菌体、细胞碎片、血清、杂蛋白、核酸等。为了得到具有高纯度、无菌性和安全性的疫苗，要除去这些杂质。
传统疫苗的分离纯化方法
连续离心、沉淀、过滤或萃取等物理、化学方法。我国采用酸沉淀法生产百日咳灭活疫苗，就是由菌体培养液加甲醛杀菌灭活后，用HCl调pH至3.8~4.4，静置十几小时自然沉淀出菌体和可溶性抗原，再离心、洗涤而得。
1 盐析
盐析一般是指溶液中加入无机盐类而使某种物质溶解度降低而析出的过程。如：加浓(NH4)2SO4使蛋白质凝聚的过程。盐析可以通过各种物质的溶解度的不同进行分离，但是溶解度相同或差异不大很难进行分离。
2 酸沉淀
酸沉淀是指溶液的pH改变，使得溶液中某些物质的溶解度降低，从而凝聚沉淀。过酸容易使得蛋白质变性。
3 超速离心
蔗糖、CsCl、KBr密度梯度离心。处理样品量太少、操作复杂、难以控制。
采用此技术纯化嗜血流感细菌(Haemophilus influenzae)外膜脂蛋白P6，先连续离心(9000g)收获菌体超声破碎，再高速离心(21000g)沉淀出肽聚糖和含有P6的未破碎细胞，然后超速离心(100000g)除去肽聚糖，加压透析得到目的抗原组分。
现代分离纯化技术
膜过滤、分子筛层析、离子交换层析、亲和层析等。
1 膜过滤
膜过滤是一种与膜孔径大小相关的筛分过程，以膜两侧的压力差为驱动力，以膜为过滤介质，在一定的压力下，当原液流过膜表面时，膜表面密布的许多细小的微孔只允许水及小分子物质通过而成为透过液，而原液中体积大于膜表面微孔径的物质则被截留在膜的进液侧，成为浓缩液，因而实现对原液的分离和浓缩的目的。
2 分子筛层析（凝胶过滤层析）
使用有一定大小孔隙的凝胶作层析介质(如葡聚糖凝胶、琼脂糖凝胶、聚丙烯酰胺凝胶等)，利用凝胶颗粒对分子量和形状不同的物质进行分离的层析技术。由于各种分子的大小、形状不同，扩散到凝胶孔隙内的速度不同，因而通过层析柱的快慢不同而分离。
3 离子交换层析
固定相是离子交换剂的层析分离技术。样品中待分离的溶质离子，与固定相上所结合的离子交换，不同的溶质离子与离子交换剂上离子化的基团的亲和力和结合条件不同，洗脱液流过时，样品中的离子按结合力的弱强先后洗脱。在生物化学和分子生物学领域此法常用于分离蛋白质、核酸等生物大分子。
4 亲和层析
利用分子与其配体间特殊的、可逆性的亲和结合作用而进行分离的一种层析技术。可以选用生物化学、免疫化学或其他结构上吻合等亲和作用而设计的各种层析分离方法。如用寡脱氧胸苷酸-纤维素分离纯化信使核糖核酸；用DNA-纤维素分离依赖DNA的DNA聚合酶；用琼脂糖-抗体制剂分离抗原；用金属螯合柱分离带有成串组氨酸标签的重组蛋白质等。
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疫苗生产过程中不可避免的有一些杂质，如细菌菌体、细胞碎片、血清、杂蛋白、核酸等。为了得到具有高纯度、无菌性和安全性的疫苗，要除去这些杂质。